胆汁中有球虫囊肿的病羊，大部分肝胆无明显病变。胆汁中卵囊的数量也不同，有的胆汁直接涂片检查可见，有的离心沉淀检查可见。

尸检发现小肠黏膜内有大量淡黄色或乳白色圆形、椭圆形结节，大小从菜籽到米粒不等。大便及肠黏膜刮检可见大量虫卵。

混合感染病羊的内脏病变主要发生在肠道、肠系膜淋巴结、肝胆等组织器官。小肠壁可见白斑、扁平斑、突起斑、息肉，以及小肠壁增厚、充血、出血，局部炎症，大量炎性细胞浸润，肠腺和肠绒毛上皮细胞坏死，绒毛断裂，粘膜脱落等。肠系膜淋巴结水肿，内生殖期囊下和小梁周围的淋巴窦和淋巴管内皮细胞被球虫寄生，局部有炎性细胞浸润和淋巴管扩张，伴有淋巴细胞和浆细胞渗出。肝脏可见轻度肿胀、淤血。肝的表面和实质上有针尖或小米粒那么大的黄白色斑点。胆管扩张，胆汁粘稠呈红褐色，里面有大量肿块。胆囊壁水肿增厚，单核细胞浸润遍及整个胆囊壁，固有层有小出血点，绒毛短而粗，腺体和绒毛上皮细胞局部坏死，寄生有小裂殖子和配子体。

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